Die am meisten geschätzten Vorteile der Röntgenfluoreszenzanalyse sind ihre Zerstörungsfreiheit, ihr im Regelfall kleiner oder nicht vorhandener Bedarf an Probenvorbereitung und der geringe Zeitbedarf der Analysen. Diese Vorteile haben die RFA besonders in der Industrie,
wo oft zur Qualitätskontrolle und Kontrolle von Rohstoffen und Halbzeugen tagtäglich viele Messungen notwendig sind, große Anwendungsfelder erschlossen. Unterstützt und gefördert wird dies durch die Anwenderfreundlichkeit der Geräte.
Nachteil dieser Technik ist, dass die Bestimmung der Elemente und deren Gehalte bei der energiedispersiven Röntgenfluoreszenz im Periodensystem der Elemente erst ab der Ordnungszahl 11 Natrium und bei der wellenlängendispersiven Röntgenfluoreszenz ab der Ordnungszahl 4 Beryllium im industriellen Maßstab Anwendung findet.